La présente directive remplace la directive 79/409/CEE du 2 avril 1979 (plus communément appelée Directive «Oiseaux») qui était le plus ancien texte législatif de l’UE concernant la nature. Toutefois, les modifications apportées sont de pure forme. La directive "Oiseaux" a établi pour la première fois un régime général pour la protection de toutes les espèces d’oiseaux sauvages naturellement présentes sur le territoire de l’Union. Il reconnaît aussi que les oiseaux sauvages, qui comportent un grand nombre de migrateurs, sont un héritage partagé entre les États membres de l’UE et que leur conservation, pour être efficace, exige une coopération à l’échelle mondiale.